Una investigación para encontrar mejores alternativas en el control de enfermedades entéricas en aves, científicos del Departamento de Agricultura de Estados Unidos (USDA, por sus siglas en inglés) han sacado a la luz virus previamente conocidos y desconocidos por medio de una nueva herramienta molecular denominada metagenómica.
Cada año, algunas enfermedades producen diarreas en pavos y pollos, lo que da lugar a menores pesos, más mortalidad y mayores costes de producción. Se han asociado varios virus con enfermedades entéricas o intestinales, pero no se ha encontrado agente causal individual.
A diferencia de la secuenciación tradicional en la que se caracterizan genes en un organismo simple, la metagenómica detecta ácido nucleico de miles de organismos en una comunidad completa. Utilizando esta técnica, Laszlo Zsak, investigador principal de la Unidad de Investigación de Enfermedades Víricas Endémicas de Avicultura del Servicio de Investigación Agrícola (ARS, por sus siglas en inglés), descubrieron un nuevo virus que podría tener futuras aplicaciones antimicrobianas.
Zsak y los científicos del ARS encontraron una secuencia de ADN corta del recién descubierto virus y diseñaron una técnica para secuenciar su genoma completo. El virus, denominado “phiCA82”, es el tipo de virus que mata de manera natural bacterias y pertenece a un grupo conocido como “microfagos” o fagos, que potencialmente pueden utilizarse como alternativas a los antibióticos y como herramientas para luchar contra patógenos multirresistentes.
En el estudio, los científicos extrajeron y analizaron ácido nucleico procedente de muestras intestinales de pollos de rebaños comerciales de Estados Unidos infectados con enfermedades entéricas. Además del nuevo fago, se detectaron virus aviares habituales como los astrovirus, reovirus y rotavirus, y los virus ARN pertenecientes a la familia Picornaviridae. Sin embargo, los científicos se sorprendieron al descubrir virus de pavo previamente desconocidos como el picobirnavirus, implicado en enfermedades entéricas en otras especies de producción animal, y un calicivirus, tipo de virus asociado frecuentemente con enfermedades entéricas en humanos.
En estudios previos, Zsak y Day utilizaron metagenómica para identificar y analizar por primera vez el genoma completo de un parvovirus de pollos nuevo. También desarrollaron una PCR muy sensible y específica para la detección de virus en aves.
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