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Aunque el microbioma, la colección de todos los microbios que viven en el cuerpo, en la materia fecal de los perros se ha investigado ampliamente, esos estudios se han limitado principalmente a perros domésticos. En un nuevo estudio, los investigadores tomaron muestras de microbiomas fecales en diversas poblaciones geográficas para comprender mejor cómo son en todo el mundo.

"Muchos de los estudios analizan cómo las diferentes dietas afectan al microbioma de los perros. Aunque son extensos, trabajan con perros en centros veterinarios, que llevan una vida muy diferente a la de los perros que no viven como mascotas", señala Karthik Yarlagadda, exestudiante de posgrado en el grupo Malhi. "Es similar a lo que ocurre en los estudios sobre el microbioma en humanos, que se han centrado en las personas que viven en las ciudades y consumen alimentos procesados".

Para tomar muestras de una amplia gama de microbiomas, los investigadores recolectaron materia fecal de tres ubicaciones geográficas: mascotas de Sudáfrica, perros callejeros y perros de refugio en la India y perros de una aldea rural en Laos. Las muestras fueron recolectadas en tarjetas FTA, que contienen químicos que preservan el ADN para que pueda ser secuenciado y analizado posteriormente.

"La mayoría de nuestros estudios anteriores han analizado animales que ingresan en una clínica veterinaria o se alojan en un centro de investigación; están vacunados y comen alimentos procesados", comenta Kelly Swanson, profesora de ciencias animales y nutrición. "Pero eso es diferente de los animales, como los de Laos, que viven al aire libre y se exponen a diferentes ambientes. Al realizar estos estudios, podemos aprender qué se considera "normal" para diferentes poblaciones de todo el mundo".

Diferente microbioma, misma función metabólica

En cada lugar, los perros tenían dietas diferentes. Los perros del refugio se alimentaban con arroz, lentejas, yogur y comida para perros; los perros callejeros probablemente hurgaban en las sobras humanas; los perros de la aldea consumían productos agrícolas locales, incluidos maíz, maíz, bambú, arroz y pescado de los ríos cercanos; y los perros que vivían como mascotas se alimentaban con comida comercial para perros.

Curiosamente, aunque el microbioma de las diferentes poblaciones difería, funcionalmente era el mismo. "Fue genial ver que puedes tener diferentes microbiomas, pero todos cumplen la misma función metabólica. Por ejemplo, los perros que consumían lácteos en las poblaciones de Sudáfrica e India tenían diferentes especies de Lactobacillus que probablemente estaban involucradas en la misma vía" señala Yarlagada.

¿Cómo difiere el microbioma respecto a los perros antiguos?

Además de comparar el microbioma de perros de diferentes ubicaciones geográficas, los investigadores querían contrastar estas muestras con microbiomas antiguos, obtenidos de heces de perro fosilizadas. Presumiblemente, los perros que viven en un ambiente al aire libre y tienen una dieta mixta tendrán microbiomas similares a los de los perros antiguos, proporcionando una idea de cómo la industrialización afecta a los microbios fecales.

De hecho, los investigadores observaron que el microbioma de los perros antiguos se parecía mucho a las poblaciones fuera de los EE.UU., posiblemente debido a la superposición de dietas y más exposiciones ambientales. El trabajo adicional aclarará si la diversidad del microbioma humano en entornos no industrializados también sigue tendencias similares.

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K. Yarlagadda, A. J. Zachwieja, A. de Flamingh, T. Phungviwatnikul, A. G. Rivera-Colón, C. Roseman, L. Shackelford, K. S. Swanson, R. S. Malhi. Geographically diverse canid sampling provides novel insights into pre-industrial microbiomes. Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences, 2022; 289 (1974) DOI: 10.1098/rspb.2022.0052