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Un nuevo plan de trabajo para que la genómica convierta la producción animal en una ciencia predictiva


Las nuevas tecnologías han permitido el desarrollo de la secuenciación paralela masiva, con lo que la recolección de grandes cantidades de datos genéticos ya no es un reto.Las nuevas tecnologías han permitido el desarrollo de la secuenciación paralela masiva, con lo que la recolección de grandes cantidades de datos genéticos ya no es un reto.

En 2008, un consorcio liderado por el servicio de investigaciones agrarias americano (ARS) y su instituto nacional de agricultura (NIFA) publicó un plan de trabajo a diez años vista sobre la investigación en genómica animal. Muchos de sus objetivos se alcanzaron, pero otros necesitan más investigación. Además, han surgido nuevos temas, resultado de las nuevas tecnologías desarrolladas, no incluidos en aquel plan inicial. 

Un reciente artículo publicado en la revista científica Frontiers in Genetics, describe las conclusiones de una nueva reunión que discutió el nuevo plan de trabajo en genómica aplicada a la producción animal, propuesto para el periodo 2018-2027. Los objetivos del nuevo plan siguen agrupados en 3 categorías generales: aplicación práctica de la ciencia, descubrimientos científicos e infraestructuras. Pero se han añadido áreas de interés nuevas como la caracterización de la microbiota, la mejora de las nuevas biotecnologías como la edición génica y la preservación de la diversidad genética.

En el artículo se describe el punto de partida del conocimiento en estas y otras áreas, y los objetivos a alcanzar. Se enfatiza la necesidad de investigar cómo la genómica interactúa con los métodos de producción y los factores ambientales para transformar la producción animal en una ciencia predictiva. La optimización de las prácticas de manejo y la productividad, requieren de un buen conocimiento de la estructura/función del genoma y de sus interacciones con otros componentes del sistema de producción (nutrición, ambiente, etc.).

Hasta ahora, la investigación genómica se centraba en la secuenciación y la detección/catalogación de variantes a nivel individual, información que era utilizada para predecir diferencias genéticas en características relevantes. El mayor reto era obtener la información genética, pero en los últimos años se ha adelantado mucho en la recolección de grandes cantidades de datos genéticos y de fenotipo. Ya sólo es necesario reducir los costes y mejorar el rendimiento de las plataformas de genotipado, sobretodo en sectores donde el valor económico del individuo es relativamente bajo.

Pero el verdadero reto actual es poder predecir fenotipos, y por tanto el rendimiento de la empresa ganadera, a partir de variables como el genotipo, el ambiente o las prácticas de manejo con que se criará el animal. Para poder usar la información genómica eficientemente, se necesita expandir la capacidad para caracterizar y medir fenotipos, además de saber analizar las interacciones entre todos los factores implicados. El objetivo final de este nuevo plan de trabajo es que las nuevas tecnologías relacionadas con la genómica se incorporen a la producción ganadera comercial para mejorar la salud, la productividad y el bienestar animal, además de ayudar a producir la necesaria cantidad de alimentos de origen animal para la creciente población mundial. 

Referencia:

- Rexroad C, Vallet J, Matukumalli LK, Reecy J, Bickhart D, Blackburn H, Boggess M, Cheng H, Clutter A, Cockett N, Ernst C, Fulton JE, Liu J, Lunney J, Neibergs H, Purcell C, Smith TPL, Sonstegard T, Taylor J, Telugu B, Eenennaam AV, Tassell CPV and Wells K. 2019. Genome to Phenome: Improving Animal Health, Production, and Well-Being – A New USDA Blueprint for Animal Genome Research 2018–2027. Front. Genet. 10:327. doi: 10.3389/fgene.2019.00327 

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