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Arranca el proyecto GENE-SWitCH


Fuente: IRTA.Fuente: IRTA.

Tal y como publica el IRTA en su página web, este mes de septiembre se ha realizado el Kick-off Meeting del proyecto europeo “H2020 GENE-SWitCH: The regulatory GENomE of SWine and CHicken: functional annotation during development” en Paris. Un proyecto que se inició oficialmente el 1 de julio de 2019 y tendrá una duración de cuatro años.

Participantes

En el proyecto participan once organizaciones de ocho países diferentes (Francia, Reino Unido, Alemania, Suecia, Italia, Países Bajos, Bélgica y España), entre las que se encuentra el IRTA.

Objetivo

El objetivo del proyecto es caracterizar los elementos funcionales del genoma de dos especies monogástricas relevantes para la producción animal como son el cerdo y el pollo, para mejorar la eficacia de la selección genómica de caracteres de relevancia económica para los sectores porcino y avícola.

Desarrollo del proyecto

El estado de activación de las secuencias del genoma funcional varía en el tiempo y el espacio, así como en respuesta a las perturbaciones ambientales. En plena coordinación y sinergia con el esfuerzo global y los proyectos en curso de la comunidad de Anotación Funcional de Genomas de Animales (FAANG), el proyecto pretende caracterizar la dinámica ("interruptores”) del genoma funcional desde el embrión (pollo) y el feto (cerdo) hasta la vida adulta, apuntando a un panel de tejidos relevantes para la producción sostenible.

Los nuevos datos de QTL de expresión en cerdos y los datos de QTL de alta resolución existentes en pollo se utilizarán para desarrollar modelos predictivos genómicos innovadores que integran anotaciones funcionales, unos modelos que se validarán en poblaciones comerciales de cerdos y aves de corral.

Además, los datos epigenéticos nutricionales permitirán evaluar la influencia de la dieta materna en el epigenoma del feto porcino y si dichos efectos persisten hasta el destete.

Estos conjuntos de datos compartidos abiertos se conformarán completamente con los estándares de FAANG y agregarán un conocimiento valioso sobre la variación genética y epigenética de elementos funcionales a FAANG.

Finalmente, también se implementará un plan integral de actividades de difusión y divulgación para las partes interesadas.

En resumen, GENE-SWitCH:

  • Contribuirá considerablemente al esfuerzo global de FAANG.
  • Demostrará cómo la anotación funcional de los genomas puede fomentar el avance de la selección genómica para un beneficio inmediato para la industria de la cría.
  • Ayudará a producir investigaciones de vanguardia para allanar el camino a nuevos estudios y estrategias para producciones sostenibles.

El IRTA ayudará a localizar regiones del genoma

El IRTA participa con su Programa de Genética y Mejora Animal para ayudar en la generación de datos de expresión para localizar regiones del genoma y variantes genéticas implicadas en la regulación de estos fenotipos y la utilización de estos resultados para validar los modelos de predicción genómica previamente desarrollados con los datos de anotación funcional.

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