La secuenciación del genoma en la lucha contra las resistencias antimicrobianas

En 2017, la Comisión Europea (CE) adoptó un nuevo plan de acción europeo One Health contra las resistencias antimicrobianas (RA). Su objetivo es reducir la aparición y propagación de la RA y hacer que los nuevos antimicrobianos efectivos estén disponibles dentro y fuera de la Unión Europea (UE). En virtud de este plan de acción, la CE se compromete a revisar en 2021 su Decisión de aplicación 2013/652/UE sobre el seguimiento y la notificación de la RA en alimentos y animales.

El uso de la secuenciación del genoma completo puede mejorar la forma en que se controla la resistencia a los RA en alimentos y animales, según el nuevo informe* publicado por la EFSA. Antes de la entrada en vigor de la legislación revisada sobre el monitoreo de la RA en 2021, la European Food Safety Authority (EFSA) sugiere que estos métodos se podrían introducir gradualmente en las actividades de monitorización de los Estados miembros.

¿Cuál es la opinión de los expertos de la EFSA?

Mediante la secuenciación del genoma completo, los expertos pueden identificar genes resistentes en bacterias en lugar de los métodos fenotípicos actuales que analizan la resistencia de las bacterias a antibióticos específicos. Esto no solo tiene el potencial de predecir la RA con mayor eficiencia, sino que también genera una gran cantidad de datos que se pueden utilizar para otros estudios y análisis epidemiológicos.

Los expertos destacan la importancia de comprender cómo emergen y se difunden las RA en el ambiente donde se producen o procesan los alimentos, un área que requiere más investigación y sobre la cual la EFSA pronto comenzará a trabajar.

Qué incluye el informe

En este informe, la EFSA:

Presenta propuestas para actualizar la monitorización y la notificación armonizadas de la RA desde una perspectiva de salud pública en Salmonella, Campylobacter coli, Campylobacter jejuni, Escherichia coli, Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium y Staphylococcus aureus resistente a la meticilina (MRSA) de animales comestibles y la carne derivada en la UE.
Explica las tendencias recientes en la RA, las necesidades de recopilación de datos y los nuevos avances científicos.

Se refuerza la monitorización fenotípica de RA en aislados bacterianos, mediante métodos de microdilución, para evaluar la susceptibilidad así como interpretar la resistencia usando valores de corte epidemiológicos. Además, se incluye una caracterización adicional de aquellos aislados de E. coli y Salmonella que muestran resistencia a las cefalosporinas y carbapenemas de espectro extendido, como la monitorización específica de ESBl/AmpC/E. coli productor de carbapenemasa.

También se han revisado y adaptado, si la EFSA lo ha considerado necesario, las combinaciones de especies bacterianas, los animales que producen alimentos y carne y los paneles antimicrobianos. Teniendo en cuenta los diferentes tamaños de muestra, se han realizado simulaciones numéricas para evaluar la potencia estadística relacionada disponible para evaluar la ocurrencia y las tendencias temporales de la resistencia, con una precisión predeterminada, para respaldar la elección del tamaño de muestra armonizado.

Se han reforzado los procedimientos de muestreo aleatorio, basados en un proceso de muestreo estratificado genérico proporcional. Se presentan propuestas para mejorar la armonización de la monitorización de prevalencia, diversidad genética y RA en MRSA. Se sugiere complementar la monitorización de rutina con encuestas transversales específicas sobre MRSA en cerdos y sobre la RA en bacterias de los mariscos y el medio ambiente.

Se recomienda encarecidamente la implementación de la secuenciación del genoma completo (WGS, por sus siglas en inglés) de aislamientos obtenidos de la vigilancia específica de E. coli ESBl/AmpC/carbapenemasa que se implementará, de forma voluntaria, durante el periodo de validez de la próxima legislación, con posible implementación obligatoria por parte de el fin del periodo; se informará a la EFSA de las secuencias de genes que codifican ESBl/AmpC/carbapenemasas. Se prevé que los protocolos armonizados para el análisis/interpretación de WGS y los programas externos de garantía de calidad sean proporcionados por el Laboratorio de Referencia de la UE sobre la RA.

Finalmente, el informe ofrece recomendaciones sobre el tamaño de las muestras y sugiere una monitorización de la resistencia a los antibióticos que se han vuelto relevantes para la salud pública y que actualmente no se monitorizan. Esto permitirá una mejor detección de posibles nuevos mecanismos de resistencia. La monitorización es un componente crítico de la respuesta a la RA y es una de las prioridades del plan de acción de la UE sobre la RA.

*Aerts M, Battisti A, Hendriksen R, et al. Technical speciﬁcations on harmonised monitoring of antimicrobial resistance in zoonotic and indicator bacteria from food-producing animals and food. EFSA Journal 2019;17(6):5709. doi: 10.2903/j.efsa.2019.5709.