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La metagenómica también permite profundizar en el conocimiento de los virus de los insectos (y posibles transmisores de enfermedades)


El estudio de los virus de los insectos es importante para campos tan diversos como la salud pública, la medicina veterinaria, la producción de alimentos y la conservación de la biodiversidad. Tradicionalmente, el interés en las enfermedades transmitidas por vectores a humanos y animales ha centrado la atención en los virus de los insectos hematófagos. Sin embargo, estos representan solo una pequeña fracción de la amplia diversidad de Hexapoda, el grupo con un mayor número de especies. Existe aquí un gran vacío de conocimiento.

Material y métodos

En un artículo publicado en PLOS Pathogens, se estudió sistemáticamente la diversidad de virus ARN de cadena negativa en la colección más grande y completa de transcriptomas de insectos a partir de muestras representativas de los 34 órdenes existentes de Hexapoda, 3 órdenes de Entognatha y otros grupos externos, con un total 1.243 especies.

Resultados

A partir de modelos ocultos de Markov, se detectaron 488 secuencias de ARN polimerasa dependiente de ARN (RdRp) víricas con similitud con virus ARN de cadena negativa. Estos fueron identificados en miembros de 324 especies de artrópodos.

La selección por longitud, calidad y singularidad dejó 234 secuencias para análisis, que mostraron similitud con los genomas de virus Bunyavirales (n = 86), Articulavirales (n = 54) y varios órdenes dentro de Haploviricotina (n = 94).

Se obtuvieron genomas completos de codificación o conjuntos subgenómicos casi completos en 61 casos.

Discusión

Según la topología filogenética y la disponibilidad de genomas completos de codificación, se estimó que es necesario definir al menos 20 nuevos géneros virales en siete familias, con solo dos de ellos monoespecíficos. Siete clados virales adicionales emergen cuando se agregan secuencias del presente estudio a linajes anteriormente monoespecíficos, lo cual requeriría hasta siete géneros adicionales.

Una secuencia larga puede señalar una familia nueva. La cofilogenia entre segmentos de genoma de virus segmentados mejoró mediante la inclusión de virus del presente estudio, lo que sugiere que los fallos en la secuencia in silico de genomas segmentados son escasos o ausentes.

Al contrario que en otras evaluaciones anteriores, se identificó una codivergencia virus-huésped significativa en las principales líneas filogenéticas, según dos enfoques diferentes de análisis de codivergencia en un marco de prueba de hipótesis.

A pesar de estas contribuciones al conocimiento del espectro de los virus de los insectos, hay que tomar precauciones a la hora de tomar decisiones taxonómicas basándose solo en la información del genoma, a causa de incertidumbres técnicas como la incapacidad de demostrar la integridad de los ensamblajes genómicos completos de los virus segmentados.



Re-assessing the diversity of negative strand RNA viruses in insects. 

Simon Käfer, Sofia Paraskevopoulou, Florian Zirkel, Nicolas Wieseke, Alexander Donath, Malte Petersen, Terry C. Jones, Shanlin Liu, Xin Zhou, Martin Middendorf, Sandra Junglen, Bernhard Misof y Christian Drosten.

PLOS Pathogens, 2019;

https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008224


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